Pseudomonas aeruginosa en médecine vétérinaire : diversité génomique et point sur la résistance aux antibiotiques et désinfectants par une approche One health

Marine Pottier (1, 2) , Sophie Castagnet (1, 2) , François Gravey (2, 3) , Michel Auzou (3) , Guillaume Leduc (3) , Simon Le Hello (2, 3, 4) , Albertine Léon (2, 1)

1 LABÉO - LABÉO, Pôle d’analyses et de recherche de Normandie
2 DYNAMICURE - Dynamique Microbienne associée aux Infections Urinaires et Respiratoires
3 Service de Microbiologie [CHU Caen]
4 Service d’hygiène hospitalière

d’infections nosocomiales chez l’Homme, d’infections sexuellement transmissibles chez les equides1 et d’otites chez le chien1. Elle est classee comme priorite critique par l’Organisation mondiale de la sante, notamment liee a l’emergence de clones nosocomiaux hautement resistants. Certaines souches presentent egalement une sensibilite diminuee a un detergentdesinfectant utilise en medecine, le chlorure de didecyldimethylammonium (CDMA). Cette etude rend compte du niveau de resistance aux antimicrobiens et de la diversite genomique de souches veterinaires de PSAE. Matériel et Méthodes Retrospectivement, 168 souches isolees entre 1996 et 2017 ont ete selectionnees avec une diversite sur l’annee, l’espece d’isolement (135 de chevaux, 30 de chiens) et le type de prelevement (89 prelevements genitaux, 27 auriculaires). Ces souches sont issues de prelevements recus pour analyse a l’Anses, Laboratoire de Sante Animale (Dozule, France) et a LABEO (Saint-Contest, France). La sensibilite aux antimicrobiens a ete etudiee sur 7 classes d’antibiotiques (utilises chez l’Homme et l’animal) et au CDMA en diffusion sur gelose et par micro-dilution en bouillon respectivement, d’apres les recommandations de l’EUCAST/CASFM3,4. Pour le CDMA, la diminution de la sensibilite a ete fixee pour une CMI≥62,9mg/L selon sa concentration dans une solution desinfectante, conformement aux instructions du fabricant. Les profils de resistance ont permis de selectionner 41 souches pour sequencage complet de genome, ce qui a permis le serotypage, typage multi-locus (MLST), core genome MLST5 et l’identification des genes de resistance acquise. Résultats Dix-huit pourcents des souches presentent des resistances sur 1-2 classes d’antimicrobiens, 20% sur 3-4 classes et 1% sur 5 classes. Pour le CDMA, une diminution de la sensibilite est retrouvee depuis 2017 et concerne 11% des souches, dont 2% cumulant ce phenotype avec une resistance a au moins 3 classes d’antibiotiques. Au niveau genomique, sept serotypes, notamment O6 (39%) et O11 (27%), et 28 sequences type, en particulier ST395 (15%) et ST309 (10%) ont ete identifies, dont au moins 7 associés a des clones à haut risque d’acquisition des resistances (HRC). Discussion/Conclusion Bien que moins representes en medecine veterinaire, les niveaux de resistance de PSAE aux antimicrobiens soulignent la necessite de maintenir les efforts sur leurs bonnes pratiques d’utilisation, particulierement pour les antibiotiques de dernier recours. Malgre une population plus diversifiee, la presence de HCR problematiques chez l’Homme rend compte d’echanges entre les differents reservoirs, difficiles a maitriser du fait de la resistance cumulee aux desinfectants et antibiotiques dont les mecanismes sont investigues.

Domaines: Médecine vétérinaire et santé animale

Marine Pottier, Sophie Castagnet, François Gravey, Michel Auzou, Guillaume Leduc, et al.. Pseudomonas aeruginosa en médecine vétérinaire : diversité génomique et point sur la résistance aux antibiotiques et désinfectants par une approche One health. 50èmes Journées annuelles de l'AVEF, Association Vétérinaire Equine Française, Nov 2022, Reims, France. ⟨hal-03845633⟩