Relevance of the molecular study of M-protein gene in characterising the human metapneumovirus and equine influenza viruses
Intérêt de l'étude moléculaire du gène de la protéine M pour la caractérisation du métapneumovirus humain et des virus influenza équins
Résumé
The human metapneumovirus and equine influenza viruses, H3N8 subtypes, belong to the Paramyxoviridae and Orthomyxoviridae Family, respectively. The reported work evaluates the relevance of the M and M1 genes, coding for matrix protein, 1/ in detecting viral RNA by molecular genetic tools 2/ for phylogenetic purposes. For the hMPV, molecular genetic tools have been developed against the M gene because a study, the first detection of hMPV in France, was carried out using RT-PCR targeting the N gene. Since the tests being developed against the N gene did not allow the identification of all group of hMPV, a rRT-PCR following by a nested PCR were set up in the M gene and used to perform a phylogenetic characterization of hMPV strains circulating in Normandy between 2002 and 2005. All groups and subgroups of hMPV (A1, A2, B1 and B2) were detected. Subsequently, these methods were adapted to a multiplex detection tool, also including human respiratory syncytial virus and influenza virus A and B. Considering EIV, a real-time RT-PCR was developed in the M1 gene, which was used to detect EIV circulating in France between 2005 and 2010. Phylogenic analyses were also conducted even not in the M1 gene, which was insufficiently variable. H3 gene, encoding the major EIV surface protein, was used to determine the different variants. This study revealed for the first time in France the presence of an EIV American lineage, cluster Florida. Molecular genetic tools developed in M and M1 genes thus allowed the detection of both viruses. While Paramyxoviridae M gene only seems suitable for studying viral variability, H3 gene remains the most appropriate for EIV for this purpose.
Le métapneumovirus humain (hMPV) et les virus influenza de type A équins (EIV), sous-type H3N8, appartiennent respectivement à la famille des Paramyxoviridae et à celle des Orthomyxoviridae. Le travail présenté est une évaluation de l’intérêt des gènes M et M1 codant les protéines de matrice des virions 1/ pour la détection des ARN viraux par les techniques de génétique moléculaire 2/ pour l’analyse phylogénique des souches. Pour le hMPV, les outils de détection ont été mis au point dans le gène M suite à une étude décrivant pour la première fois le hMPV en France qui a été réalisée à l’aide d’un test RT-PCR développé dans le gène N. Ce premier test validé dans le gène N n’ayant pas permis la mise en évidence de l’ensemble des groupes de hMPV, une nouvelle RT-PCR suivie d’une PCR nichée ont été développées dans le gène M et ont été utilisés pour les études phylogénétiques du hMPV en Normandie sur la période de 2002 à 2005. L’ensemble des différents groupes et sous-groupes du hMPV (A1, A2, B1 et B2) ont pu être détectés. Par la suite, ces techniques ont été adaptées à un système réalisé en multiplex permettant une détection simultanée du hMPV, du virus respiratoire syncytial humain et des virus influenza A et B. Pour le virus influenza équin, une RT-PCR en temps réel a été développée dans le gène M1 et utilisée pour la recherche de l’EIV circulant en France de 2005 à 2010. Une analyse phylogénétique a également été réalisée mais non ciblée sur le gène M1, ce dernier présentant un nombre trop faible de variations. Le gène H3, codant la principale protéine de surface de l’EIV, a constitué la cible pour déterminer les différents variants. Cette étude a révélé, pour la première fois en France, la présence d’EIV de lignage américain, cluster Florida. Les techniques de génétique moléculaires développées dans les gènes M et M1 ont donc permis la détection des deux virus étudiés, mais seul le gène M des Paramyxoviridae semble être adapté à une étude de la variabilité des virus. Pour l’analyse des différentes souches d’EIV, le gène H3 reste le plus approprié.