Pseudomonas aeruginosa en médecine vétérinaire : diversité génomique et point sur la résistance aux antibiotiques et désinfectants par une approche One health
Résumé
Contexte : Pseudomonas aeruginosa (PSAE) est une bacterie responsable d’infections nosocomiales chez l’Homme, d’infections sexuellement transmissibles chez les equides1 et d’otites chez le chien1. Tres impliquee dans la formation de biofilm, une structure participant a l’echappement aux antimicrobiens, PSAE est classee comme priorite critique par l’Organisation mondiale de la sante, notamment a cause de l’emergence de clones nosocomiaux hautement resistants. Certaines souches presentent egalement une sensibilite diminuee a un detergent-desinfectant tres utilise en medecine, le chlorure de didecyldimethylammonium (CDMA). Face aux problematiques communes chez l’Homme et l’animal, une approche ≪ une seule sante ≫ est aujourd’hui necessaire pour une meilleure comprehension des enjeux, et pour identifier les risques et anticiper les emergences de demain. Cette etude rend compte du niveau de resistance aux antimicrobiens et de la diversite genomique de souches veterinaires de PSAE.
Matériel et Méthodes : Retrospectivement, 168 souches isolees entre 1996 et 2017 ont ete selectionnees avec une diversite sur l’annee, l’espece d’isolement (135 de chevaux, 30 de chiens) et le type de prelevement (89 prelevements genitaux et 27 auriculaires). Ces souches sont issues de prelevements recus pour analyse a l’Anses, Laboratoire de Sante Animale (Dozule, France) et a LABEO (Saint-Contest, France). La sensibilite aux antimicrobiens a ete etudiee sur 7 classes d’antibiotiques (utilises chez l’Homme et l’animal) et au CDMA en diffusion sur gelose et par micro-dilution en bouillon respectivement, d’apres les recommandations de l’EUCAST/CASFM3,4. Pour le CDMA, la diminution de la sensibilite a ete fixee pour une CMI≥62,9mg/L selon sa concentration dans une solution desinfectante et conformement aux instructions du fabricant. Les profils de resistance ont permis de selectionner 41 souches pour sequencage complet de genome, ce qui a permis le serotypage, le typage multi-locus (MLST), le core genome MLST5 et l’identification des genes de resistance acquise.
Résultats : Dix-huit pourcents des souches presentent des resistances sur 1-2 classes d’antimicrobiens, 20% sur 3-4 classes et 1% sur 5 classes. Pour le CDMA, une diminution de la sensibilite est retrouvee depuis 2017 et concerne 11% des souches, dont 2% cumulant ce phenotype avec une resistance a au moins 3 classes d’antibiotiques. Au niveau genomique, sept serotypes, notamment O6 (39%) et O11 (27%), et 28 sequences type, en particulier ST395 (15%) et ST309 (10%) ont ete identifies, dont au moins 7 associes a des clones a haut risque d’acquisition des resistances (HRC).
Discussion/Conclusion : Bien que moins representee en medecine veterinaire, la resistance de PSAE aux antimicrobiens ne doit pas etre negligee. Malgre une population globale plus diversifiee, des HRC problematiques chez l’Homme sont presents chez l’animal. Ces similitudes rendent compte d’echanges entre les differents reservoirs, difficiles a maitriser par la presence de souches resistantes aux desinfectants. La recherche de mutations specifiques sur les genes regulant les pompes d’efflux (mecanisme suspecte comme induisant la sensibilite diminuee au CDMA), ainsi que la caracterisation du biofilm forme par PSAE par des technologies innovantes (impedancemetrie et microfluidique) sont en cours d’investigation, afin de comprendre ce phenomene, recemment observe, de resistance cumulee aux antibiotiques et desinfectants.