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Poster communications

Développement d’une méthode générale d’analyse métabolomique de l’urine humaine par UHPLC-HRMS/MS pour la recherche de biomarqueurs : optimisation des paramètres de séparation et de traitement des données.

Résumé : L’U1086 ANTICIPE a contribué, via la cohorte Agrican (www.agrican.fr), à démontrer que l’agriculture et les expositions professionnelles aux pesticides sont régulièrement associées à l’augmentation de l’incidence de certains cancers (prostate, lymphomes non-hodgkiniens dont les myélomes multiples, leucémies, cancers du système nerveux central ou encore cutanés) [1]. Si le lien entre expositions aux pesticides et risque accru de cancers dans la population agricole est maintenant bien établi, la relation causale entre les conséquences biologiques des expositions et leur influence sur le risque de cancer reste majoritairement à définir. L’épidémiologie moléculaire vise précisément à faire ce lien entre expositions, prédisposition et sensibilité avec des phénomènes biologiques précis, mesurables dans des échantillons biologiques, et leurs conséquences sur le risque d’apparition de pathologies, notamment cancéreuses, possiblement avant l’apparition de signes cliniques.La biothèque EPIBIO97 [2] a été initiée avec le recrutement de 795 adultes résidant sur 410 fermes du Calvados. Les exploitations réalisaient en majorité des activités de grande culture et d’élevage. Un prélèvement d’échantillons biologiques (plasma, urine, lymphocytes viables, ADN) a été effectué, accompagné d’un recueil d’informations par questionnaire portant sur les caractéristiques sociodémographiques, le tabagisme, la consommation d’alcool, le régime alimentaire, l’histoire médicale ainsi que l’exposition professionnelle aux pesticides au cours de la vie.L’objectif de ce projet est donc de développer une méthodologie générale d’analyse métabolomique de l’urine humaine, capable de mettre en évidence des biomarqueurs d’effets d’une exposition spécifique, applicable au criblage de biothèques telles que EPIBIO97. Chaque étape du workflow doit donc être mise au point et optimisée de façon à produire le plus de données avec la meilleure fiabilité et pertinence possible. Cela regroupe la préparation d’échantillon, les paramètres de la séparation chromatographique et de l’analyse en spectrométrie de masse haute résolution, le prétraitement des données, le traitement statistique des résultats ainsi que l’interprétation biologique des biomarqueurs identifiés . Pour cette étude nous avons travaillé sur un groupe de volontaires sains comportant 11 hommes et 10 femmes. Les 5 phases mobiles habituellement les plus utilisées en UHPLC dans la littérature pour des études métabolomiques sur l’urine ont été testées avec un détecteur de type QTOF. Les échantillons ont été injectés une, deux et trois fois afin d’évaluer l’importance de la réplication des mesures sur l’identification de biomarqueurs. De plus, trois méthodes de normalisation ont été comparées : la normalisation sur le signal total, sur la créatinine et sur l’osmolarité. Les modes d’ionisations positif et négatif ont été testés en combinaison avec des séparations en phase inverse et HILIC. L’association de ces différentes conditions a été évaluée en utilisant Galaxy Workflow4Metabolomics. La qualité des résultats a été évaluée selon des critères de nombre de signaux détectés et de répétabilité des résultats. Les signaux obtenus ont ensuite été traités en utilisant plusieurs méthodes de retraitement, sur lesquels les paramètres ont été sélectionnés et optimisés.À l’issue de ces essais, des biomarqueurs permettant de séparer les urines des hommes et des femmes ont été mis en évidence. Les résultats obtenus en utilisant différents algorithmes sont discutés.
Document type :
Poster communications
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https://hal-normandie-univ.archives-ouvertes.fr/hal-03451102
Contributor : Margot BEGUE Connect in order to contact the contributor
Submitted on : Friday, November 26, 2021 - 12:13:12 PM
Last modification on : Thursday, September 1, 2022 - 11:13:42 AM
Long-term archiving on: : Sunday, February 27, 2022 - 7:00:26 PM

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Poster_SEP21_ANTICIPE.pdf
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  • HAL Id : hal-03451102, version 1

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Quentin Vandoolaeghe, Valérie Bouchart, Matthieu Meryet-Figuiere, Pierre Lebailly, Raphaël Delépée. Développement d’une méthode générale d’analyse métabolomique de l’urine humaine par UHPLC-HRMS/MS pour la recherche de biomarqueurs : optimisation des paramètres de séparation et de traitement des données.. Congrès SEP 2021 14 ème congrès francophone sur les sciences séparatives et les couplages de l’AFSEP., Oct 2021, Paris, France. ⟨hal-03451102⟩

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