Identification et validation des déterminants de virulence des virus influenza équins circulants
Résumé
La grippe est une maladie des voies respiratoires touchant de nombreuses espèces dont les équidés. Malgré l'efficacité et l'excellente couverture vaccinale, la France a connu deux épisodes de grippe équine en 2018. Ces épizooties étaient associées à l'introduction, sur le continent européen, d'une souche américaine qui différait des souches de références utilisées pour la vaccination. Cette infection virale est causée par le virus Influenza dont il existe des nombreuses souches et sous-types. Chez le cheval, la grippe est causée par les sous-types H3N8 et H7N7, ce dernier n'ayant plus été détecté depuis les années 1980. Chez le cheval, la grippe n'est pas mortelle chez l'adulte sain mais elle impose une longue convalescence exigeant un repos total de 3 semaines à 6 mois. De plus, elle est extrêmement contagieuse et se propage dans le monde entier avec les compétitions internationales et les exportations qui facilitent ainsi la dissémination du virus. En effet depuis janvier 2019, ce sont près de 870 foyers d'infection qui ont été observés dans le monde.La grippe est donc critique dans l’industrie hippique dont l’importance économique est non négligeable en France (flux de plusieurs milliards d’euros générés chaque année) et dans de nombreux pays (Europe, USA, Japon, Afrique du Sud, Australie, Brésil, Argentine).L’objectif de mon projet de thèse est de mieux comprendre les particularités du virus influenza équin.Pour cela, je vais mener un travail expérimental en 3 étapes : 1 / utiliser une technique innovante de séquençage direct des ARN pour établir des cartes génétiques complètes de quelques variants connus: 2/ Utiliser ces informations pour mieux identifier les caractères de virulences ; 3/ Tester et valider ces facteurs de virulence identifiés par une infection expérimentale sur poneys.Les résultats obtenus permettront de caractériser les déterminants de virulence et de mettre au point un test de diagnostic rapide, fiable et mobile des virus influenza équins. L’objectif in fine étant de faciliter le suivi et la gestion des épidémies futures.