Surveillance non invasive par séquençage nouvelle génération de l’ADN circulant et corrélation avec l’imagerie TEP scan dans une cohorte prospective de lymphome B diffus à grandes cellules.
Résumé
Introduction
Dans le concept de biopsie liquide, l’ADN circulant (cell-free DNA, cfDNA), libéré dans le sang par les cellules tumorales, peut être utilisé pour l’identification de mutations, leur évolution clonale et les mécanismes génétiques de résistance. Afin de déterminer la pertinence clinique de l’analyse du cfDNA, nous avons évalué, dans une cohorte prospective de 30 lymphomes B diffus à grandes cellules (LBDGC), le profil génétique au diagnostic et sa modification après traitement par séquençage nouvelle génération (NGS) et corrélé ces données à celles de l’imagerie TEP scan (Lymphoseq, clinical.gov number : NCT02339805).
Patients et méthodes
Le statut mutationnel de 34 gènes (Lymphopanel) a été déterminé à la fois pour le cfDNA et l’ADN de la tumeur (gDNA) au moment du diagnostic, et pour le cfDNA au cours du traitement et en cas de rechute/progression (technologies AmpliSeq®/PGM®). Les données de TEP scan ont été collectées au diagnostic (Volume Métabolique tumoral, VMT et Glycolyse Lésionnelle Totale, GLT), à mi-traitement et à la fin du traitement (Delta SUV et score de Deauville). L’analyse des variants a été réalisée à l’aide d’un pipeline bio-informatique maison.
Résultats
Au diagnostic, le séquençage du cfDNA a permis l’identification de mutations dans 19/30 cas (63%) et les profils mutationnels étaient en accord avec les profils habituellement observés dans les LBDGC. Pour l’ADN tumoral, des mutations ont été identifiées dans 24 des 25 échantillons disponibles, le dernier étant en échec. Pour celui-ci, l’analyse du cfDNA était informative. Au final, seulement 2 patients ne présentaient pas de mutation (cfDNA ou gDNA) conduisant à une informativité de 93% tous échantillons confondus. L’analyse des variations du nombre de copies (CNV) a montré une très bonne concordance entre les résultats obtenus dans le cfDNA et le gDNA pour des fréquences alléliques de mutations dans le cfDNA > 14%. En ce qui concerne les données cliniques et de TEP scan au diagnostic, la quantité de cfDNA tumoral ([cfDNA] x fréquence allélique) était significativement corrélée à la fois aux LDH, IPI, VMT et GLT. Parmi les 4 patients présentant plus de mutations dans le cfDNA par rapport à la tumeur, 3 avaient un volume tumoral > 2000cm3 dont 2 avec des masses tumorales très disséminées (vues 3D des images de TEP scan), suggérant que les mutations du cfDNA sont le reflet de l’hétérogénéité tumorale. Au cours du traitement, nous avons observé une diminution rapide de la quantité de cfDNA tumoral dans 13/17 cas. A mi-traitement, parmi les 4 patients présentant toujours des mutations dans le cfDNA, 3 étaient en réponse partielle (score de Deauville et delta SUV max). Un de ces patients était en progression 6 mois après la fin du traitement et présentait toujours de l’ADN circulant tumoral.
Conclusion
Cette étude montre que le séquençage du cfDNA dans les LBDGC est un outil de génotypage précis et représente un procédé non invasif en temps réel pour la recherche de clones résistants au traitement. Elle souligne l’intérêt majeur de la biopsie liquide dans le cadre des masses tumorales volumineuses, le cfDNA permettant l’analyse du profil mutationnel complet de la tumeur. Ainsi, la biopsie liquide représente une approche complémentaire au TEP scan à la fois au diagnostic et durant le suivi pour la prise en charge des LBDGC.