Détection de mutations somatiques dans l’ADN circulant plasmatique par séquençage de nouvelle génération (NGS) : première étape vers une validation du concept de biopsie liquide dans le lymphome primitif du système nerveux central.
Résumé
Introduction
Les lymphomes primitifs du système nerveux central (PCNSL) sont des tumeurs rares du cerveau dont le diagnostic est complexe mais essentiel pour leur prise en charge thérapeutique. Des études récentes, dans différents types de cancers, ont montré l’intérêt de l’ADN circulant plasmatique comme méthode non invasive de détection de matériel génomique tumoral. L’objectif de cette étude était de déterminer si le séquençage ciblé de l’ADN plasmatique permettait de détecter les mutations somatiques présentes dans la tumeur chez des patients atteints d’un PCNSL.
Patients et méthodes
Nous avons constitué une cohorte rétrospective de 30 PCNSL pour lesquels nous disposions d’ADN tumoral au diagnostic. Ces ADN ont été séquencés à l’aide du PGM ® (Life technologies) en utilisant un lymphopanel de 34 gènes. Afin d’améliorer la sensibilité du séquençage de l’ADN circulant (extrait des 24 plasmas disponibles, ADNp), les mutations somatiques identifiées dans la tumeur ont été recherchées en ciblant spécifiquement les amplicons d’intérêt.
Résultats
Parmi les 30 échantillons tumoraux, 21 (70%) ont été classés selon l’algorithme de Hans en sous type non GC, 8 (27%) en sous type GC et 1 non classé (3%). 29 tumeurs présentaient au moins une mutation somatique, le plus souvent un variant nucléotidique non synonyme, avec une fréquence allélique (VAF) moyenne de 46% [8%-91%]. Les profils mutationnels identifiés étaient, pour la majorité d’entre eux, caractéristiques du sous type ABC, affectant principalement les voies NF-kB et du BCR : MYD88 (n=23, 77%), PIM1 (n=11, 37%), CD79B (n=10, 33%) et TNFAIP3 (n=6, 20%). Parmi les 23 tumeurs présentant une mutation de MYD88, la L265P était la plus fréquente (20 patients, 67%) et 8 présentaient une double altération de CD79B et MYD88 (toujours la L265P). L’analyse des variations du nombre de copies de gènes a montré des délétions et gains de copie pour 29 patients dont 23 cas avec des délétions de CDKN2A/2B (77%). Les 24 plasmas disponibles présentaient de l’ADN circulant (concentration moyenne = 64 ng/mL plasma) mais aucune corrélation n’a pu être établie entre le volume tumoral et la concentration d’ADNp. Treize (54%) de ces ADNp avaient au moins une mutation détectable, avec une VAF moyenne de 4% [0.1%-28%]. Nous n’avons pas observé de différence significative de survie globale entre les patients avec ou sans mutation identifiée dans l’ADN circulant (OS 27 mois vs OS 18 mois ; p=0.3). Pour 10 des 17 patients présentant la mutation L265P dans la tumeur et avec un échantillon de plasma disponible, nous avons pu retrouver cette mutation dans l’ADNp, ce qui en fait un biomarqueur circulant potentiel intéressant.
Conclusion
Cette étude montre pour la première fois la possibilité de détecter des mutations somatiques dans l’ADN circulant plasmatique de patients atteints d’un PCNSL, constituant ainsi un outil peu invasif qui pourrait aider au diagnostic de ces pathologies. Etant donné la récurrence des mutations de MYD88, CD79B et PIM1 dans la tumeur, un test est actuellement en cours de développement pour rechercher spécifiquement ces altérations dans l’ADNp des PCNSL. Des études complémentaires permettront d’augmenter la valeur prédictive de ce nouvel outil prometteur pour la prise en charge des PCNSL.