Où se place Caen dans le monde de l'E. coli ST131 ?

François Gravey (1, 2, 3) , L Fabre (2) , C. Isnard (4, 1) , M Fines-Guyon (4) , O. Join-Lambert (1, 4) , A Mouet (5) , C Lesteven (5) , F-X Weill (2) , S Le Hello (1, 5, 2)

1 GRAM 2.0 - Groupe de Recherche sur l'Adaptation Microbienne
2 BPE - Bactéries pathogènes entériques
3 UPD7 - Université Paris Diderot - Paris 7
4 Service de Microbiologie [CHU Caen]
5 Hôpital Côte de Nacre [CHU Caen]

Introduction : Escherichia coli représente 62% des entérobactéries sécrétrices de béta-lactamase à spectre étendu (BLSE) en France. Une surveillance génomique a été initiée sur les E. coli sécrétrices de béta-lactamase au CHU de Caen depuis 2012. Au cours de cette étude, deux épidémies d’E. coli sécrétrices de BLSE au sein de services de réanimation néonatale a été particulièrement investiguée. Matériels et méthodes : Entre Juin et Aout 2017, 28 souches d’E. coli sécrétrices de BLSE isolées dans les services de réanimation néonatales des hôpitaux de Cherbourg et de Caen ont été collectées. Au total 94 souches ont été séquencées dans le cadre de la surveillance. Les caractéristiques des bactéries : Sequence-Type (ST), sérotype, gènes de résistance, de virulence et plasmides ont été déterminés in silico grâce à différentes bases de données. Une phylogènie basée sur la recherche de Single Nucleotide Polymorphism (SNP) a été réalisée par mapping sur un génome de référence puis par comparaison à l’ensemble des 3765 génomes d’E. coli ST131 disponibles dans les bases de données. Résultats : Douze patients âgés d’un à cinq mois ont été colonisés ou infectés par une souche d’E. coli sécrétrice de BLSE entre Juin et Aout 2017. Les bactéries ont été isolées à partir de selles (n=22), yeux (n=3), hémocultures (n=2) et tractus respiratoire (n=1). Toutes les souches des services de réanimation appartenaient au clade ST131 O16:H5 Fim 41 sécrétant la béta-lactamase CTX-M-27 confirmant le caractère épidémique de cet évènement au vu des caractéristiques différentes des E. coli circulant au CHU de Caen depuis 2012. De plus, la phylogénie basée sur les SNP indiquait une faible divergence entre ces souches avec un nombre moyen en SNP de 77 alors qu’elles divergeaient des génomes d’E. coli BLSE ST131 non épidémique de plus de 13000 SNP. L’augmentation de la puissance des analyses par ajout de 3765 génomes d’E. coli ST131, a permis (i) de révéler que les 2 épidémies de Cherbourg et Caen étaient indépendantes (900 SNP de différence) et (ii) de démontrer une récente dissémination mondiale du clade E. coli ST131 O16:H5. Conclusion : La béta-lactamase CTX-M-27 dissémine rapidement au sein d’hôpitaux Français via un clade émergent d’E. coli ST131 O16:H5 Fim 41 différent des clades précédemment décrits. Des études phénotypiques doivent être menées afin de comprendre le succès de ce clone.

Mots clés: Épidémie; Escherichia coli; E. coli; Béta-lactamase à spectre étendu; BLSE; Épidémiologie; CTX-M-27; Biologie informatique

Domaines: Bactériologie; Bio-informatique [q-bio.QM]; Maladies infectieuses

François Gravey, L Fabre, C. Isnard, M Fines-Guyon, O. Join-Lambert, et al.. Où se place Caen dans le monde de l'E. coli ST131 ?. 38ème Réunion Interdisciplinaire de Chimiothérapie Anti-Infectieuse, Dec 2018, Paris, France. 2018. ⟨hal-02407019⟩