Ecr, une protéine potentiellement impliquée dans la résistance hétérogène à la colistine des clusters I et IV du complexe Enterobacter cloacae

François Gravey (1) , Vincent Cattoir (2) , Racha Beyrouthy (3) , Richard Bonnet (3) , Simon Le Hello (1, 4) , François Guérin (1, 5)

1 GRAM 2.0 - Groupe de Recherche sur l'Adaptation Microbienne
2 Centre Hospitalier Universitaire de Rennes [CHU Rennes] = Rennes University Hospital [Ponchaillou]
3 CHU Clermont-Ferrand
4 Hôpital Côte de Nacre [CHU Caen]
5 Service de Microbiologie [CHU Caen]

Objectif - Introduction : La colistine (COS), antibiotique longtemps délaissé, est devenue une alternative de dernier recours pour le traitement des infections à entérobactéries multirésistantes, notamment productrices de carbapénémases. Le complexe Enterobacter cloacae (CEC) comprend plusieurs clusters étroitement liés et non différenciables phénotypiquement, dont certains présentent un phénotype d’hétérorésistance (HR) à la COS. Même si plusieurs gènes ont été identifiés (ex. tolC, phoP et soxS-soxR) dans cette HR, les mécanismes restent en grande partie inconnus. En 2019, Huang et al. ont décrit le gène ecr qui serait également impliqué dans l’HR en régulant positivement l’expression de phoP et de l’opéron arnBCADTEF. Le but de ce travail a été de rechercher la présence du gène ecr par PCR en temps réel dans une collection de souches de CEC déjà caractérisées et par une approche in silico à partir des séquences génomiques disponibles. Matériels et méthodes : Une collection de 100 souches cliniques uniques représentatives des différents clusters du CEC (C-I à C-XIV) a été étudiée. Les souches identifiées par séquençage partiel du gène hsp60 ont été caractérisées pour l’HR à la COS par CMI par microdilution et analyse de population. Après le design d’amorces spécifiques, une technique de PCR en temps réel a été développée. Parallèlement, le gène ecr a été recherché par une analyse in silico sur 1560 souches du CEC. Résultats : Sur les 100 souches, 48 présentaient une HR à la COS et appartenaient aux clusters hsp60suivants : C-I (7/8), C-II (16/16), C-III (1/14), C-IV (8/9), CVII (2/4), C-IX (3/3), C-X (1/2), C-XI (8/9), C-XII (2/2). Le gène ecr a été retrouvé uniquement pour les clusters C-I (7/7, 100%), C-IV (7/8, 87,5%), C-VII (1/2) et C-X (1/1) par PCR. L’analyse in silico des 1560 génomes a montré la présence du gène ecr uniquement pour les clusters C-I (87/87, 100%) et C-IV (86/92, 93,5%). Conclusion : Dans cette étude, nous avons pu montrer que le gène ecr semble particulièrement présent chez les clusters C-I et C-IV. Ces résultats montrent l’importance de la détermination précise du cluster en matière d’interprétation de la sensibilité à la COS. L’analyse génomique doit être étendue aux 100 souches cliniques de ce panel pour confirmer cette association exclusive à certains clusters et redéfinir ainsi précisément le cluster des 2 souches ecr positif non C-I ou C-IV.

Mots clés: Complexe Enterobacter cloacae; ECR; colistine; hétéro-résistance

Domaines: Bactériologie; Bio-informatique [q-bio.QM]; Maladies infectieuses; Médecine humaine et pathologie

François Gravey, Vincent Cattoir, Racha Beyrouthy, Richard Bonnet, Simon Le Hello, et al.. Ecr, une protéine potentiellement impliquée dans la résistance hétérogène à la colistine des clusters I et IV du complexe Enterobacter cloacae. 39ème Réunion Interdisciplinaire de Chimiothérapie Anti-Infectieuse, Dec 2019, Paris, France. , 2019. ⟨hal-02395175⟩