Identification of mobile retrocopies during genetic testing: Consequences for routine diagnosis
Nicolas Chatron
(1)
,
Kevin Cassinari
(2)
,
Olivier Quenez
(2)
,
Stéphanie Baert‐desurmont
(2)
,
Claire Bardel
(3)
,
Marie‐pierre Buisine
,
Eduardo Calpena
,
Yline Capri
(4)
,
Jordi Corominas Galbany
,
Flavie Diguet
,
Patrick Edery
(3)
,
Bertrand Isidor
(5)
,
Audrey Labalme
(3)
,
Cedric Le Caignec
(5)
,
Jonathan Levy
(6)
,
François Lecoquierre
(2)
,
Pierre Lindenbaum
(7)
,
Olivier Pichon
(8)
,
Pierre‐antoine Rollat‐farnier
,
Thomas Simonet
(9)
,
Pascale Saugier‐veber
(2)
,
Anne‐claude Tabet
,
Annick Toutain
(10)
,
Andrew Wilkie
,
Gaetan Lesca
(11)
,
Damien Sanlaville
(1)
,
Gaël Nicolas
(12, 2)
,
Caroline Schluth‐bolard
1
CRNL -
Centre de recherche en neurosciences de Lyon - Lyon Neuroscience Research Center
2 GPMCND - Génomique et Médecine Personnalisée du Cancer et des Maladies Neuropsychiatriques
3 CHLS - Centre Hospitalier Lyon Sud [CHU - HCL]
4 Département de génétique [Robert Debré]
5 Service de génétique médicale - Unité de génétique clinique [Nantes]
6 ENS Rennes - École normale supérieure - Rennes
7 ITX - ITX - unité de recherche de l'institut du thorax
8 Gatonero SA
9 LBMC - Laboratoire de Biologie Moléculaire de la Cellule
10 Service de génétique [Tours]
11 GHE - Groupement Hospitalier Lyon-Est
12 GMFC - Génétique du cancer et des maladies neuropsychiatriques
2 GPMCND - Génomique et Médecine Personnalisée du Cancer et des Maladies Neuropsychiatriques
3 CHLS - Centre Hospitalier Lyon Sud [CHU - HCL]
4 Département de génétique [Robert Debré]
5 Service de génétique médicale - Unité de génétique clinique [Nantes]
6 ENS Rennes - École normale supérieure - Rennes
7 ITX - ITX - unité de recherche de l'institut du thorax
8 Gatonero SA
9 LBMC - Laboratoire de Biologie Moléculaire de la Cellule
10 Service de génétique [Tours]
11 GHE - Groupement Hospitalier Lyon-Est
12 GMFC - Génétique du cancer et des maladies neuropsychiatriques
Olivier Quenez
- Fonction : Auteur
- PersonId : 178034
- IdHAL : olivier-quenez
- ORCID : 0000-0002-8273-8505
- IdRef : 253121655
Stéphanie Baert‐desurmont
- Fonction : Auteur
- PersonId : 179721
- IdHAL : stephanie-baert-desurmont
- IdRef : 076622614
Claire Bardel
- Fonction : Auteur
- PersonId : 21685
- IdHAL : claire-bardel
- IdRef : 110530179
Marie‐pierre Buisine
- Fonction : Auteur
Eduardo Calpena
- Fonction : Auteur
Jordi Corominas Galbany
- Fonction : Auteur
Flavie Diguet
- Fonction : Auteur
François Lecoquierre
- Fonction : Auteur
- PersonId : 793170
- ORCID : 0000-0002-9110-1856
Pierre Lindenbaum
- Fonction : Auteur
- PersonId : 766099
- ORCID : 0000-0003-0148-9787
Pierre‐antoine Rollat‐farnier
- Fonction : Auteur
Anne‐claude Tabet
- Fonction : Auteur
Annick Toutain
- Fonction : Auteur
- PersonId : 825028
- ORCID : 0000-0002-5999-5300
- IdRef : 08130871X
Andrew Wilkie
- Fonction : Auteur
Gaetan Lesca
- Fonction : Auteur
- PersonId : 769268
- ORCID : 0000-0001-7691-9492
Damien Sanlaville
- Fonction : Auteur
- PersonId : 760022
- ORCID : 0000-0001-9939-2849
- IdRef : 059247878
Caroline Schluth‐bolard
- Fonction : Auteur
Résumé
Human retrocopies, that is messenger RNA transcripts benefitting from the long interspersed element 1 machinery for retrotransposition, may have specific consequences for genomic testing. Next genetration sequencing (NGS) techniques allow the detection of such mobile elements but they may be misinterpreted as genomic duplications or be totally overlooked. We report eight observations of retrocopies detected during diagnostic NGS analyses of targeted gene panels, exome, or genome sequencing. For seven cases, while an exons-only copy number gain was called, read alignment inspection revealed a depth of coverage shift at every exon-intron junction where indels were also systematically called. Moreover, aberrant chimeric read pairs spanned entire introns or were paired with another locus for terminal exons. The 8th retrocopy was present in the reference genome and thus showed a normal NGS profile. We emphasize the existence of retrocopies and strategies to accurately detect them at a glance during genetic testing and discuss pitfalls for genetic testing.