Une décennie de Rhinopneumonie : étude phylogénétique.

Résumé : Titre de la communication Une décennie de Rhinopneumonie : étude phylogénétique. Chapeau Les herpèsvirus équins sont des pathogènes d’importance de par leur impact sanitaire et économique lié à leurs différentes formes cliniques. Cette étude porte sur la phylogénie des souches associées à la crise de rhinopneumonie 2018 ainsi que des souches isolées depuis 2009. Résumé Contexte de l’étude : Les herpèsvirus équins appartiennent à la famille des Herpesviridae et sont des virus à ADN enveloppés responsables de nombreuses maladies chez les équidés. Neufs types d’herpèsvirus sont classiquement décrits chez les équidés. Parmi eux, l’herpèsvirus équin 1 (HVE-1) et l’herpèsvirus équin 4 (HVE-4) présentent un intérêt tout particulier de par leur impact sanitaire et économique pour la filière équine. L’HVE-1 peut être à l’origine de trois formes cliniques : i) une forme respiratoire entraînant une toux, de la fièvre et un fort écoulement nasal (i.e. souvent nommée rhinopneumonie), ii) une forme abortive entraînant l’avortement de juments ou la mort néo-natale de poulains et iii) une forme neurologique pouvant aller de l’ataxie à une paralysie des membres et une dégradation de l’état général nécessitant parfois l’euthanasie de l’animal. L’HVE-4 est pour sa part plutôt à l’origine de syndromes respiratoires même si quelques cas d’avortements ont pu être observés. Le terme « Rhinopneumonie » décrit généralement l’ensemble des cas respiratoires induits par ces deux herpèsvirus équins, ainsi que les formes secondaires de la maladie (i.e. avortement infectieux et neurologique) qui peuvent être associées. Une particularité commune à tous les herpèsvirus équins est leur capacité à établir une latence chez leur hôte suite à une primo-infection et à être réactivés lors d’un stress d’origine variable. Notre étude porte sur la crise de Rhinopneumonie survenue entre Janvier et Mai 2018 en France au cours de laquelle un nombre de cas largement supérieur aux années précédentes a été rapporté. Bien qu’une diminution des vaccinations en 2017 (consécutive à une pénurie de vaccins en 2016) détériorant le taux de protection de la population équine pourrait être à l’origine de cette crise, l’introduction d’une nouvelle souche d’HVE-1 reste une possibilité. Notre étude concerne la diversité génétique et l’évolution des souches circulantes en 2018 par rapport aux souches isolées les années précédentes. Elle a pour but de mieux comprendre la circulation de ce virus sur le terrain afin d’appréhender au mieux les épisodes virologiques à venir. Matériels et Méthodes : En fonction de la forme clinique, différents types de prélèvements ont été récoltés (écouvillons respiratoires, organes et sang total). Concernant la crise de 2018, 41 foyers ont été analysés au laboratoire. L’étude rétrospective a concerné 79 souches HVE-1 récoltés depuis 2009. Une extraction des acides nucléiques a d’abord été réalisée ainsi qu’une PCR de détection (Diallo et al. 2006) pour l’HVE-1. Les prélèvements positifs ont ensuite été analysés pour quantifier la charge virale par qPCR (Diallo et al. 2006), pour typer le marqueur de neuropathogénicité (position 2254 de l’ORF30) par PCR (Allen et al. 2007) et pour caractériser la souche par séquençage Sanger d’un marqueur génétique (ORFs 30 codant pour l’ADN polymérase) faisant consensus pour les études phylogénétiques. Résultats : 37 souches associées à la crise de 2018 ont été caractérisées et 2 souches ont été isolées sur lignées cellulaires. Parmi les foyers respiratoires, 9 souches présentent un génotype « non-neuropathogène » A2254,11 souches ont un génotype « neuropathogène » G2254 et 3 souches n’ont pu être typées. Parmi les foyers neurologiques 2 souches sont A2254 et 2 souches sont G2254. Enfin, parmi les foyers d’avortements 13 souches sont de type A2254, et une souche n’a pu être typée. Les séquences complètes de l’ORF30 ont été obtenues pour 2 souches issues de foyers respiratoires, 3 souches issues de foyers d’avortements et 1 souche issue de foyers neurologiques. Pour les souches isolées depuis 2009, 50 sont A2254et 29 sont G2254,tous types de foyers confondus.Parmi ces souches, 10 ont été séquencées pour l’ORF30. La comparaison des séquences obtenues met en évidence deux groupes, les 2 souches de types G2254 se retrouvant dans un même groupe. Discussion et Conclusion : Les prélèvements positifs en HVE-1 issus de la crise 2018 ainsi que ceux récoltés au long des 10 dernières années nous permettent d’avoir une vue d’ensemble sur les souches circulant en France. Nous avons ainsi pu observer la diversité des souches retrouvées dans les foyers respiratoires et neurologiques. Néanmoins, l’étude phylogénétique ségrégue ces souches en deux groupes, une séparation confirmée par la comparaison à d’autres séquences référencées dans la littérature (Bryant et al. 2018). Le typage A ou G des souches en position 2254 de l’ORF30 semble montrer que cette mutation n’est pas le seul paramètre conférant la neuropathogénicité d’une souche comme il l’a récemment été mentionné dans la littérature, puisque les deux génotypes ont été retrouvés dans différents types de foyers. Cette hypothèse avait été fortement avancée en 2010 par notre équipe (Pronost et al. 2010). Les premières conclusions de cette étude sont que bien que proches phylogénétiquement, une grande diversité de souches est présente sur le territoire. Par conséquent il ne semble pas y avoir de lien entre une souche particulière et la crise survenue en 2018. Cela conforte également l’hypothèse d’une mauvaise couverture vaccinale engendrant une mauvaise protection de la population équine française.
Liste complète des métadonnées

https://hal-normandie-univ.archives-ouvertes.fr/hal-02285546
Contributeur : Gabrielle Sutton <>
Soumis le : jeudi 12 septembre 2019 - 18:10:44
Dernière modification le : mercredi 6 novembre 2019 - 14:36:59

Identifiants

  • HAL Id : hal-02285546, version 1

Citation

Gabrielle Sutton, Marion Jourdan, Christine Fortier, Virginie Maisonnier, Stéphanie Dervin, et al.. Une décennie de Rhinopneumonie : étude phylogénétique.. Journées de la Recherche et de l'Innovation organisées par l'Institut Français du Cheval et de l'Equitation, May 2019, Saumur, France. ⟨hal-02285546⟩

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